Les etapes de conquesta i ocupació del nou Regne de València poden ser considerades també fases d’una expulsió parcial i d’un arraconament progressiu de la població musulmana. Posteriorment, algunes revoltes dels moriscos, considerades actes de traïció, foren aprofitades per a anul·lar molts dels tractats de rendició, per a ocupar noves terres i llocs.

El 1609 es va promulgar el decret d’expulsió massiva de la població d’origen musulmà, convertida a la força durant la guerra de les Germanies. Aquesta ordre significava exiliar violentament, i de colp, una tercera part dels habitants del Regne de València. En cap altre territori tindria un efecte tan extens i profund. El nostre país ja no tornaria a ser el mateix, ni des del punt de vista nacional, ni religiós, ni cultural, ni lingüístic, ni d’ocupació del territori, ni de poblament o de producció agrària. La crisi en què es va veure sumit el país no es va superar del tot fins quasi un segle després.